前作的恐龙帝国在巴武藏壮烈的特攻下终于土崩瓦解，但一个新的邪恶势力——百鬼帝国却出现在了地面上，它们是拥有超高科技的神秘有角人种，在布莱大帝的统帅下开始了其征服世界的野心计划；与此同时，刚刚从恐龙帝国毁灭性的打击中重建恢复的新早乙女研究所也研制出了新的盖塔机器人G；就在大家为其三号机波赛冬的驾驶员人选犯愁之际，浅间学园一个名叫车弁庆的棒球手进入了众人的视野……。